Для того чтоб получилась ручная скидка, нужно в настройках, на закладке Скидки\Надбавки разрешить фиксированые скидки и если нужно автоматические скидки. Также на закладеке Пользователи в наборе прав обязательно должно быть разрешено делать скидку.
Для того чтобы работала ручная скидка нужно выставить соответсвующий процент.
P.S. Процедура проведения скидки(на чек) нажимаем пром итог, вводим нужный нам процент скидок, нажимаем -%